O Engenheiros Sem Fronteiras – Núcleo de Juiz De Fora é dividido em seis departamentos: Presidência, Projetos, Comunicação e Marketing, Gestão de Pessoas, Qualidade e Administrativo-Financeiro.  Com exceção da presidência, cada departamento é constituído por um diretor e número de assessores variados. Em alguns deles, de acordo com a necessidade vista pelo diretor, há a presença de um ou mais gestores.​

A divisão em departamentos visa maior organização e melhor funcionamento do núcleo, uma vez que as funções são divididas de acordo com as áreas específicas. Cada integrante é direcionado para um departamento de acordo com uma série de critérios analisados durante o período de Processo Seletivo.

Presidência

Composta por presidente e vice presidente, são responsáveis por liderar o funcionamento da ONG de uma maneira geral. Estão sempre em busca de parcerias e visibilidade externa, cuidam da parte burocrática, além de supervisionarem o andamento do outros departamentos.

Projetos

Os integrantes do departamento de projetos (diretor, assessores e gestores) são responsáveis pelo gerenciamento e coordenação dos projetos realizados pelo núcleo. Dentro do departamento há uma divisão de funções, buscando sempre o melhor andamento e funcionamento do mesmo.

Comunicação e Marketing

Este é responsável pelo gerenciamento da comunicação da ONG, de produção multimídia e de canais como redes sociais e websites. Também é função do departamento promover a divulgação do núcleo, afim de alcançar o maior e mais diversificado público.

Gestão de Pessoas

Promover capacitação, envolvimento e desenvolvimento dos membros são as principais funções do departamento de Gestão de Pessoas. Além disso, o mesmo tem fundamental importância no que diz respeito a motivação e reconhecimento dos integrantes. Diretor e assessores trabalham constantemente na busca da harmonia do núcleo como um todo.